Com o objetivo de disponibilizar um acúmulo de conhecimento técnico que permita à diretoria tomar decisões com maior segurança compartilhar com as associadas o acúmulo de capital intelectual e democratizar as resoluções da ANEC, para que sejam permeáveis aos interesses e influências das associadas foram constituídos os Grupos de Trabalho, denominados GTs. E estes, se organizam tanto em nível nacional como regional, sempre refletindo a agenda política da Associação.
Durante o ano, tanto a ANEC nacional quanto os escritórios regionais promoveram reuniões com os GTs.
Durante o segundo semestre do ano passado e o primeiro desse ano, diversas reuniões foram realizadas com os GTs, para a construção de ideias e alinhamento de decisões.
Nos últimos anos, muitos foram os GTs criados pela Diretoria da ANEC. Alguns deles: GT de assessores da ANEC, de natureza permanente e que assessora a Diretoria da ANEC nos debates sobre a questão da certificação das entidades beneficentes; GT de avaliação acadêmica, que construiu as bases epistemológicas do Sistema de Avaliação da ANEC. Além desses, temos GTs de Assessores de Comunicação e Marketing, GT de PIs e CPAs das IES, GTs de Coordenadores de Curso de Direito e de Medicina, GTs de Pastoral Escolar e Pastoral da Universidade, GT de Ensino Religioso, GTs de Reforma do Ensino Médio e de Reforma do Ensino Fundamental e, por fim, GT de EAD.